O Biobanco UNIFESP foi inicialmente aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa  da UNIFESP em 12 de junho de 2012 e pela Comissão Nacional de Ética em Pesquisa em 2 de dezembro de 2013, tornando-se o 14º biobanco estabelecido no Brasil.

Em 11 de março de 2020, foi oficializado como órgão complementar da Pró-Reitoria de Pós-Graduação e Pesquisa da UNIFESP, por deliberação do Conselho Universitário (CONSU). Posteriormente, em 6 de junho de 2025, o CONSU aprovou sua vinculação administrativa ao Campus São Paulo, consolidando sua estrutura institucional como órgão complementar da Universidade. 

O Biobanco UNIFESP tem como missão disponibilizar material biológico humano criopreservado e ácidos nucleicos, contribuindo para o desenvolvimento de pesquisas de excelência. O acesso às amostras é realizado mediante aprovação do Comitê Científico do Biobanco e do Sistema CEP/CONEP, em conformidade com as normas éticas e regulatórias vigentes.

Atualmente, o Biobanco reúne quatro coleções de materiais biológicos humanos: COVID-19, Citologia, Tumoral e Não Tumoral, constituindo uma infraestrutura estratégica para a pesquisa translacional, clínica e básica. 

Sua rede de colaboradores reúne pesquisadores e profissionais de diferentes áreas do conhecimento, formando uma estrutura multidisciplinar que fortalece todas as etapas do processo, desde a coleta, processamento e armazenamento das amostras até o compartilhamento responsável de materiais biológicos e dados associados. Essa ampla articulação institucional promove a integração entre grupos de pesquisa, amplia o potencial de colaboração científica e contribui para a produção de conhecimento de alto impacto.